부부가 주택을 공동명의로 보유하면 각자 기본공제를 적용받을 수 있지만, 1세대 1주택자 과세특례를 선택할 경우 고령자·장기보유 세액공제도 고려해야 한다. 공동명의가 언제나 유리한 것은 아니며, 공시가격과 연령, 보유·거주기간에 따라 선택이 달라질 수 있다.
현행 제도에서 부부가 각자 종합부동산세를 납부하면 1인당 9억원, 부부 합산 18억원의 기본공제를 받을 수 있다. 공동명의 1주택자가 1세대 1주택자 과세특례를 신청하면 해당 방식으로 세금을 계산한다.
2026년 세제개편안에는 실거주 1세대 1주택자의 기본공제를 2027년부터 14억원으로 확대하는 방안이 담겼다. 각자 신고하는 경우 기본공제는 18억원이지만, 1세대 1주택자는 현행 제도에서 만 60세 이상이면 고령자 세액공제 20%, 10년 이상 보유하면 장기보유 세액공제 40%를 적용받을 수 있다. 두 공제를 합쳐 최대 60%까지 가능해 기본공제와 세액공제를 함께 비교해야 한다.
예시로 만 60세인 A씨 부부가 공시가격 25억원 아파트를 50%씩 공동명의로 보유하고 다른 주택이 없으며, 해당 주택을 10년 보유했다고 가정했다. 일반과세에서는 부부가 각각 9억원씩 공제받고, 1세대 1주택자 특례에서는 14억원 공제와 고령자·장기보유·거주기간에 따른 세액공제를 적용하는 방식이다.
개편안은 2027년부터 1세대 1주택자의 세액공제를 보유기간 중심에서 거주기간 중심으로 바꾸는 내용을 제시했다. 이에 따라 같은 10년 보유라도 실제 거주기간에 따라 세금이 달라질 수 있다. 세액공제 금액 한도는 2027년 800만원, 2028년부터 600만원으로 설정하는 방안이다. 공제율만으로 공제액을 계산할 수 없으며, 세액과 한도를 함께 따져야 한다.
각자 신고와 1세대 1주택자 특례 중 어느 방식이 유리한지는 공시가격, 지분율, 거주기간, 연령, 세액공제 한도 등에 따라 달라진다. 납세자는 매년 9월 말까지 세무서에 본인에게 유리한 방법을 신고해야 하며, 국세청은 납세자의 선택을 돕는 안내를 할 예정이다.