충남 서산에서 과수원을 소유한 김도윤 씨는 2016년 농지 네 필지를 팔면서 농지세 비과세 확인서와 자경확인서를 세무서에 냈고, 양도소득세 비과세 결정을 받았습니다. 이듬해 남은 땅을 팔자 세무서 직원이 현장을 확인했고, 김 씨가 실제로는 과수원을 직접 경작하지 않았으며 자경확인서 내용도 사실과 다르다는 점을 확인해 세금을 부과했습니다.
농지세 비과세 확인서를 내면, 국세행정의 관행을 이유로 나중의 과세를 취소해 달라고 할 수 있을까요?
국세기본법은 세법 해석이나 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 뒤에는 그에 따른 행위를 정당한 것으로 보고, 새로운 해석이나 관행을 소급해 과세하지 못하도록 합니다. 다만 비과세 관행이 인정되려면 오랫동안 과세하지 않았다는 사정만으로는 부족합니다. 과세관청이 과세할 수 있음을 알면서도 특별한 사정으로 과세하지 않겠다는 뜻을 명시적 또는 묵시적으로 나타냈어야 합니다.
따라서 과세관청이 제출 서류를 믿고 실제 자경 농지로 잘못 판단해 비과세했다가, 뒤늦게 사실과 다른 점을 발견해 바로잡은 경우에는 비과세 관행이 성립했다고 보기 어렵습니다. 농지세 과세·미과세 확인서만으로 비과세가 계속된다는 행정 관행이 확립됐다고 할 수 없고, 잘못된 비과세 결정을 고쳐 과세했다는 이유만으로 신의성실 원칙에 어긋난다고 볼 수도 없습니다. 확인서 제출만으로 실제 자경 여부에 대한 조사와 사후 과세까지 막을 수는 없습니다.
참고: 국세기본법 제18조 제3항; (판례 인용 제외 — 원문에 없음); 대법원 1991. 10. 22. 선고 90누9360 전원합의체 판결